(?ims)(^to\?!.*?\user1@domen1\.ru)(?!.*?user2@domen2\.ru))

-- вообще говоря, содержит ошибку. Должно быть:

(?ims)(^to\?!.*?user1@domen1\.ru)(?!.*?user2@domen2\.ru))

(один бэкслэш лишний, см.)

Это для начала. Теперь: действие для фильтра с этим регекспом какое стоит? Не скачивать, я надеюсь? Тогда покуда всё нормально. Теперь сделайте вот что: возьмите пару писем, проскочивших мимо этого правила (т.е. адресованных кому-то иному, кроме ваших локальных пользователей). Положите их в отдельную папку (скажем, test). Создайте для этой папки шаблон ответа вида:

%SetPattRegExp='ваш регексп _в_точности_'
%RegExpBlindMatch='%Headers'
1=%SubPatt='1'
2=%SubPatt='2'
3=%SubPatt='3'

(вставьте туда в указанное место тот регексп, что в Вашем проблемном фильтре для выборочного скачивания).

Теперь попробуйте пооткрывать ответы на те письма, что у Вас теперь в папке temp. Если Ваш регексп работает, должно быть:

1=To:
2=
3=

Если не работает, то

1=
2=
3=

(если это последнее, то Ваш регексп не нашел соответствия заданному Вами шаблону в данном письме и, соответственно, Бат будет скачивать это письмо с сервера, как оно в реальности и происходит).

Теперь. Если результат = первый вариант (регексп работает, но письмо всё-таки почему-то скачалось), я хочу: полностью фильтр (copy-paste в форум сюда) и полностью письмо, на котором всё это произошло. Не хотите в форум -- посылайте на akiselev@nobat.ru. Если же второй вариант -- значит, проблемы в регекспе как таковом. В любом случае, без результатов этого теста я ничего сказать не берусь, ибо у меня всё это работает на ура.