Упс. mea culpa: надо было с самого начала спросить, стоит ли эта галка… Это не то чтобы баг Бата, это фича такая: он не смотрит в UIDL'ы вообще, когда стоит галка "удалять с сервера". Официально, для ускорения процесса. Разработчиков давно уже просили это поменять, но…
На самом деле, Ваша проблема -- довольно редкая: согласитесь, мало кто использует диспетчер с пометкой сообщений как прочтенных, и принудительную закачку всех новых с их удалением с сервера.
Что касается Вашего наблюдения о виде UIDL'ов -- оно неверно. Просто когда-то у Вас на этом аккаунте стояло "хранить письма на сервере", потом Вы эту галку сняли, файл перестал обновляться. Потом админ поменял что-то на сервере и тот стал использовать новый формат UIDL'ов. Теперь Вы снова поставили галку "оставлять на сервере", Бат записал в файл текущие UIDLы -- вот Вы и увидели разницу…