Мне кажется, что я знаю в чем тут дело. Долго разбирался, но исправить это не удастся.
При работе Мышки в режиме "мастер плюс клиенты (рабочие станции без ТСП)" для синхронизации мастера с клиентами используются файлы USERS.* в корне каталога почтовых баз.
Туда клиенты помещают запросы на прием-передачу почты, туда же мастер помешает информацию о необходимости пересканировать ту или иную папку.
Подозреваю, что там еще много чего хранится.
При старте Мышка долго и нудно что-то в этом файле анализирует, и делает это, по видимому, крайне неоптимально. Я догадываюсь, что кто-то (скорее всего мастер) должен эти файлы переодиечки чистить, но покуда они (файлы) открыты хоть на одном клиенте, а открываются они на read-write, файлы невозможно ни урезать ни удалить -- они заблокированы. Поэтому они все время растут и пухнут.
Отсюда и торможение.
А всякие антивирусники только ухудшают картину.
//Mike