Все это происходит в IMAP ящиках.
В Inbox поступает новое письмо. Оно фильтром переносится в другую папку. После этого показывается, что общее число непрочитанных сообщений 2, а если посмотреть на папки, то там только одно новое сообщение в той папке, куда оно было перенесено. После прочтения этого единственного нового письма двойка превращается в 0 и The Bat перестает махать крыльями (сигнолизировать о наличии новых писем).
Если сразу это новое письмо не читать, то после очередного обновления папок (refresh folders) общее кол-во непрочитанных писем становится правильным.
Т.о. падает подозрение на работу системы фильтров.

P.S. 3.71.03